自動搬運AGV的控制系統主要包括以下幾個控制功能：
(1)動作控制
為了實現自動搬運AGV從接貨位到載貨臺的自動接取貨物的功能，自動搬運AGV控制系統就能夠具備控制其水平行走及位置準停功能。
(2)位置控制
為了高效準確地與搬運機械手對接存取貨物，自動搬運AGV就必須以適當的速度和恰當的尋址定位方法來實現其在貨位或站點位置的準確定位。這就對自動搬運AGV位置控制的可靠性能提出了更高的要求。從自動搬運AGV的工作流程圖可以看出，小車定位主要是其水平行走方向的定位。
(3)通訊功能
在自動化立體倉儲中心控制系統中，為了實現自動搬運AGV的自動運行，小車就必須與上位機、觸摸屏以及倉儲中心其他設備進行頻繁的信息數據交換，由于智能搬運自動搬運AGV在倉儲中心磁道上運行，受周圍環境影響，通常選擇無線通訊方式。
(4)保護功能
為保證立體倉儲中心設備、貨物及相關工作人員的安全，自動搬運AGV配有完善的硬件和軟件保護裝置，且在系統控制上采取了相應的保護措施。例如電機斷電保護、障礙物檢測與避障保護等。
